Następnie, niezmiennie tonem głosu, przechodziła do dziedziczenia ludzkiego. Wyjaśniła swoje przekonanie, że rasy reprezentują różne etapy rozwoju, że cechy takie jak inteligencja i uroda są dziedziczne i można je udoskonalić poprzez selektywną hodowlę. Thomas słuchał z obojętną miną, z bladymi oczami wpatrzonymi w wykresy.
Nauczył się, że przerywanie mu groziło ostrą reprymendą. Margaret nigdy go nie uderzyła. Nie musiała. Izolacja i całkowita kontrola, jaką sprawowała, były wystarczającą karą. Nie wolno mu było kontaktować się z nikim poza Margaret, Vance’em i okazjonalnie Augustusem, który dostarczał mu zapasy, ale nigdy nie odzywał się poza koniecznymi słowami. Thomas jeszcze nie rozumiał, że Margaret przygotowywała go do konkretnej roli.
Kształciła go nie w duchu postępowych ideałów, ale dlatego, że potrzebowała, by zrozumiał, czego ostatecznie będzie wymagać. Potrzebowała, by zrozumiał dziedziczność, by zrozumiał, dlaczego pewne pary przynoszą określone rezultaty, by docenił znaczenie jej eksperymentu. Bo w końcu, gdy dojrzeje, stanie się nie tylko obiektem obserwacji, ale aktywnym uczestnikiem tworzenia tego, co Margaret nazwała swoją ulepszoną linią.
W kompleksie mieszkali inni, poza Thomasem, choć rzadko ich widywał. Przez okno czasami dostrzegał ludzi przemieszczających się między budynkami pod eskortą. Słyszał głosy, czasami tłumione przez ściany. W nocy zdarzały się dźwięki, które go niepokoiły, takie jak płacz, krzyki lub długie chwile ciszy, które wydawały mu się jeszcze gorsze.
Nauczył się nigdy nie pytać o takie rzeczy. Margaret utrzymywała w posiadłości około 25 osób w dowolnym momencie, choć konkretne osoby często się zmieniały. Pozyskiwała je na różne sposoby, kupując osoby o określonych cechach, akceptując osoby, których inni właściciele chcieli się pozbyć, a czasami sprowadzając osoby ze swojej głównej plantacji, gdy wykazywały cechy, które chciała zbadać.
Ludzie ci mieszkali we wspólnych pokojach, śpiąc na paletach, mając zapewnione odpowiednie wyżywienie i schronienie, ale jednocześnie byli całkowicie odizolowani od świata zewnętrznego. Margaret prowadziła szczegółowe zapisy dotyczące każdej osoby, pomiarów, stanu zdrowia, historii rodzinnej (jeśli była znana) oraz specyficznych cech, które uważała za pożądane lub niepożądane. Dobierała pary z zimną kalkulacją, prowadząc wykresy, które śledziły, które kombinacje dawały dzieci o określonych cechach.
Przez ponad 13 lat udokumentowała dziesiątki narodzin. Ale zapisy wskazywały również na coś mroczniejszego. Wysoki wskaźnik śmiertelności, zwłaszcza wśród niemowląt, i liczne zaginięcia. Prawda o tych zaginięciach była prawdopodobnie najciemniejszym aspektem. Kiedy dzieci rodziły się z tym, co Margaret nazywała cechami degeneracyjnymi, poważnymi deformacjami lub problemami zdrowotnymi, nie przeżywały długo.
W jej dokumentacji odnotowano, że nie rozwijały się prawidłowo lub zmarły z powodu naturalnego osłabienia. Jednak świadkowie, którzy zgłosili się po śmierci Margaret, opowiedzieli inne historie. Opisywali niemowlęta zabrane wkrótce po urodzeniu i nigdy więcej ich nie widziano. Opisywali niewielki cmentarz w głębi sosnowego lasu, oznaczony jedynie ponumerowanymi drewnianymi palikami.
Opisali miedzianą piwnicę, w której Margaret przechowywała okazy biologiczne w słoikach z alkoholem, w tym niektóre o niepokojąco ludzkim wyglądzie. Thomas nie miał o tym pojęcia w młodości. Jego świat składał się z jego pokoju, sali lekcyjnej, sali egzaminacyjnej i okazjonalnie z podwórka, gdzie Margaret pozwalała mu ćwiczyć pod nadzorem.
Dbała o jego zdrowie, dbając o odpowiednie odżywianie, świeże powietrze i aktywność fizyczną. Chodziło jednak o zarządzanie zwierzętami gospodarskimi, a nie o współczucie. Gdy Thomas zbliżał się do czternastych urodzin w 1857 roku, lekcje Margaret nabrały nowego wymiaru. Zaczęła szczegółowo wyjaśniać biologię rozrodu, korzystając z diagramów anatomicznych i zachowanych okazów.
Z kliniczną precyzją omawiała poczęcie, ciążę i narodziny. Wyjaśniała dziedziczenie genetyczne, coraz bardziej podkreślając jego unikalne cechy. „Reprezentujesz coś niezwykłego” – powiedziała mu podczas jednej z lekcji, obserwując go z wyrachowaną intensywnością. „Twój albinizm jest czystym wyrazem cech recesywnych”.